在定下4亿亩高标准农田的建设目标之后，国土资源部开始为该目标的实现筹划资金投入，而新增建设用地
土地有偿使用费则被视为最主要的目标。据
国土部有关人士的估计，全国这笔费用每年的征收总额高达千亿元。而为提高对这笔庞大资金的使用效率，国土资源部联合财政部开始修改相关的管理法规。
4月19日，财政部、国土资源部印发《新增建设用地土地有偿使用费资金使用管理办法》(以下简称《办法》)，并宣布废止此前印发的《中央分成新增建设用地新增费资金使用管理办法》。而在新的《办法》里，这笔资金将来的使用将围绕着土地整治项目而展开，国土资源部的计划是，未来五年在全国范围内，建成4亿亩的高标准农田，而这一目标的完成主要通过一系列的大规模土地整治项目的开展而实现。
依据国土资源部财务司司长赖文生的解读，在新《办法》里，新增费的使用的原则由“上年收入、下年使用”改为“以收定支、专款专用、收支平衡、结余结转下年安排使用”，将原本闲置的大量结余资金充分利用了起来。此外，《办法》还鼓励资金的统筹使用，鼓励以土地整治项目为平台，利用新增费为先导，引导其他涉农资金投入到土地整治中来。
而为了加强管理，新《办法》的覆盖面也从原来的中央分成新增费扩大到全部的新增费使用管理，还要求各级财政、国土资源管理部门要逐步建立健全新增费使用管理的绩效评价制度。
